gnuplotで塗りつぶしもできました。オプションはいろいろややこしいが、基本的には
plot sin(x)/x with filledcurve lt rgb"#ff0000"
とかなんとかです。

これは正葉曲線 r=sin(3t) です。2種類を重ねて描きました
plot sin(3*t) with filledcu lt rgb"#00ff00", sin(3*t+pi) with filledcu lt rgb"#ff00ff"