日本はどう発音するか。どうも1600年ぐらいにポルトガルに伝わった情報によると３とおりあったようですね。

ippon (仮名はじっぽん？)
nippon　（仮名はにっぽん？）
nifon　（仮名はにほん）

　以下の参照ページにいろいろと書いてありますが、以下のことが重要と思われます。
日の呉音は「ジツ　jitu」です。休日のジツ。だから
日本は「ジツホン」。ところが呉音のころの日本語では「ハ行」はおそらくpa, pi, pu, pe, poと読まれたと考えられています。だから
jitu pon→jippon
と思われます。この発音がヨーロッパに伝わってjapanになったと思われます。

日の漢音は「ニチ　niti」です。そこで「日」を漢音読みすると、
「にちほん」。発音はnitipon→nipponで「ニッホン」になったのでしょう。ここで間違えてはいけないのは当時の日本語の発音では「ニッホン」と書いて、「ニッポン」なんですね。

　1600年頃には日本語では「ハ行」はおそらくfa, fi, fu, fe, foと読まれたと考えられています。
日本は「ニッホン」で発音はnifonになったのだと思います。

【参照】
日葡辞書 – Wikipedia
日本 – Wikipedia

　なお、1600年前後の日本語の仮名の読み方で異なる部分を紹介すると、

え　ye
お　o　を　wo
せ　she　ぜ　je
ち　ti　ぢ　di
つ　tu　づ　du
ゐ　wi　ゑ　we…現存せず
は　fa/wa ひ fi/i　ふ fu/u　へ he/e　ほ ho/o